• Phía Tây Bắc giáp với Campuchia.
• Phía Nam- Tây Nam giáp với Đồng bằng sông Cửu Long.
• Phía Đông-Đông Nam giáp với biển Đông
• Phía Bắc và Đông Bắc giáp Tây nguyên và Duyên hải Nam Trung bộ

Địa hình

Đông Nam Bộ là vùng đất cao, địa hình bán bình nguyên, trung du và đồi núi thấp dưới 1000m, bề mặt thoải. Độ cao giảm dần từ tây bắc xuống đông nam, có độ cao dao động từ khoảng 500m (H.Bù Gia Mập, Bình Phước - giáp ranh cao nguyên Mơ Nông) xuống 1m (H.Bình Chánh, TP.HCM - giáp ranh đồng bằng sông Cửu Long).

Hơn 70% diện tích vùng cao trên 50m, chủ yếu là các đồi thấp, địa hình cao và lượn sóng mạnh ở phía bắc, giảm dần về phía nam

Các ngọn núi cao ở khu vực:
-Núi Bà Đen - 986m (Tây Ninh)
-Núi Chứa Chan - 838m (Đồng Nai)
-Núi Bà Rá - 736m (Bình Phước)
-Núi Mây Tào - 716m (Bà Rịa Vũng Tàu)
-Núi Dinh - 505m (Bà Rịa Vũng Tàu)
-Núi Cậu - 289m (Bình Dương)

Do vùng này là trung tâm công nghiệp nên rừng ít, cây công nghiệp được trồng với diện tích lớn hàng bậc nhất cả nước, tình trạng ô nhiễm ngày càng nặng, trong đô thị rất dễ bị lũ lụt do không có cây giữ lại.

Đất có bảy loại: đất feralit, đất phù sa (chiếm thấp nhất trong vùng), đất ba dan, đất xám trên phù sa cổ, đất mặn, đất phèn (đất mặn, đất phèn tập trung nhiều ở Thành phố Hồ Chí Minh).

Vùng đất này thuộc địa chất giới Kainozoi: Cuội,cát, sét kết và các thành tạo bở rời

Sông ngòi

Khu vực Đông Nam Bộ có các sông lớn như hệ thống sông Đồng Nai, sông Sài Gòn, sông Thị Vải... Sông Sài Gòn và sông Thị Vải là nơi tập trung các cảng chính của khu vực như cảng Sài Gòn, cảng Cái Mép, cảng Thị Vải.

Sông Bé và sông Đồng Nai có trữ lượng thủy năng dồi dào (Thủy Điện Trị An, Thủy Điện Thác Mơ, Thủy Điện Cần Đơn, Thủy Điện Srok Pu Mieng)

Các hồ thủy lợi và thủy điện ngăn sông có ý nghĩa hết sức quan trọng, giúp cung cấp nước sản xuất và sinh hoạt có diện tích lớn là hồ Dầu Tiếng, hồ Trị An, hồ Thác Mơ, hồ Phước hòa. Đặc biệt là hồ thủy lợi Phước Hòa và hồ Dầu Tiếng còn có tác dụng điều phối nguồn nước để chống xâm nhập mặn cho sông Sài Gòn và sông Vàm Cỏ.

Bờ biển

Bờ biển khu vực này thuộc các địa phương: Bà Rịa-Vũng Tàu, Thành phố Hồ Chí Minh. Khu vực ven biển này có nhiều bãi biển đẹp là khu nghỉ mát nổi tiếng như: bãi Sau, bãi Dứa (Vũng Tàu).Vùng biển ấm, ngư trường rộng, hải sản phong phú Phát triển ngành khai thác và nuôi trồng thủy sản.